להלן רשימת יושבי הראש של האגודה מיום הקמתה:
- 1957: ד"ר הנריך ברגר
- 1960-1966: פרופ' אדית קיי
- 1966-1969: ד"ר רפאל קונפינו
- 1969-1972: ד"ר צבי שמשוני
- 1975-1977: פרופ' יהושע שפירא
- 1978-1980: פרופ' אדריאן בקר
- 1984-1987: ד"ר אלכסנדר אלרהנד
- 1987-1990: פרופ' ירוחם זילברמן
- 1990-1993: פרופ' מירון ליברמן
- 1993-1996: ד"ר טום ויינברגר
- 1996-1999: ד"ר צבי בליץ
- 1999-2001: ד"ר נפתלי ברזניאק
- 2001-2003: ד"ר רפי רומנו
- 2003-2005: ד"ר ניר שפק
- 2005-2006: ד"ר אייל כצהנדלר
- 2006-2009: ד"ר סילביה גרון
- 2009-2011: ד"ר אורנה קאופמן
- 2011-2013: ד"ר ערן גלייכר
- 2013-2015: ד"ר שמואל עיני
- 2015-2017: ד"ר יוסי עבד
- 2017-2018: ד"ר תמר פינקלשטיין
- 2018-2019: ד"ר שי גורן
- 2019-2021: ד"ר עודד יצחקי
- 2022-2025: ד"ר יואב שפינקו
- 2025-2027: ד"ר אריאל דינבר